讲述了在人类自我毁灭的浩劫后，一千年后工业文明遗留下来的症结仍在困扰这个星球。带有强烈毒性的植物组成了令人望而却步的腐海森林，随着时间的推移，腐海有条不紊地向四周蔓延，蚕食周边世界。在一片腐海森林的旁边，居住着一群御风而行的人类，女主角娜乌茜卡和族人依靠海风的力量抵御着有毒孢子的侵蚀，过着平静祥和的生活。

直到某一天，战火烧到了这里，西方强国特洛梅意欲重新建立人类霸权，他们计划统一周边诸国，然后向虫族发起总攻。另一方面，一千年前曾主导摧毁人类的上古怪兽“猛怪”重现人间。

面对这一切，娜乌茜卡勇敢地站了出来，她试图与虫王沟通，希望能够找到一种和平的解决方案。然而，她的努力最终还是没有能够阻止战争的爆发。在战争中，娜乌茜卡为了保护族人，不幸牺牲。但是，她的精神却感动了虫王，最终虫王停止了攻击，人类和虫族之间也迎来了和平。

风之谷》的故事发生在现代文明被摧毁的1000年后，地球生态荒漠化，并面临着名为“腐海”森林的侵蚀。

腐海森林散发着有毒气体，侵蚀着人类的居住区，而生活在腐海中的王虫群能够在瞬间毁灭人类辛苦建立起来的家园。在这个时代，人们生活在风之谷，一个不受腐海波及的地方，人们生活得很快乐。然而，有野心的多米吉亚人发动战争，利用王虫荷母打击风之谷。

主角娜乌西卡，背负着族人的期待，面对疯狂的王虫和敌意与战争，是否能够承担起保护自己家园的重任，是故事的核心